Personal Homepage of Alexander Goesmann

Dr. Alexander Goesmann

Postal Address: Universität Bielefeld
CeBiTec
33594 Bielefeld
Office: V6-141
Office Phone: +49-(0)521-106-4821
Office Fax: +49-(0)521-106-6419
E-mail: agoesman[kanelbullar]CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

 [CuDB Photo]

Publications

[65] E. Trost, S. Götker, J. Schneider, S. Schneiker-Bekel, R. Szczepanowski, A. Tilker, P. Viehoever, W. Arnold, T. Bekel, J. Blom, K. H. Gartemann, B. Linke, A. Goesmann, A. Pühler, S. K. Shukla, A. Tauch (2010)
Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion.
BMC Genomics 11(1): 91; PubMed ID: 20137072
[64] C. Steinweg, C. T. Kuenne, A. Billion, M. A. Mraheil, E. Domann, R. Ghai, S. B. Barbuddhe, U. Kärst, A. Goesmann, A. Pühler, B. Weisshaar, J. Wehland, R. Lampidis, J. Kreft, W. Goebel, T. Chakraborty, T. Hain (2010)
The complete genome sequence of L. seeligeri, a non-pathogenic member of the genus Listeria.
J Bacteriol : ; PubMed ID: 20061480
[63] T. H. Smits, S. Jaenicke, F. Rezzonico, T. Kamber, A. Goesmann, J. Frey, B. Duffy (2010)
Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163T and comparative genomic insights into plant pathogenicity.
BMC Genomics 11(1): 2; PubMed ID: 20047678
[62] W. Gerlach, S. Jünemann, F. Tille, A. Goesmann, J. Stoye (2009)
WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads.
BMC Bioinformatics 10(430): ; PubMed ID: 20021646
[61] K. Henckel, K. J. Runte, T. Bekel, M. Dondrup, T. Jakobi, H. Küster, A. Goesmann (2009)
TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community.
BMC Plant Biol 9(19): ; PubMed ID: 19210766
[60] M. Dondrup, S. P. Albaum, T. Griebel, K. Henckel, S. Jünemann, T. Kahlke, C. K. Kleindt, H. Küster, B. Linke, D. Mertens, V. Mittard Runte, H. Neuweger, K. J. Runte, A. Tauch, F. Tille, A. Pühler, A. Goesmann (2009)
EMMA 2 - A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data.
BMC Bioinformatics 10(50): ; PubMed ID: 19200358
[59] T. Bekel, K. Henckel, H. Küster, F. Meyer, V. Mittard Runte, H. Neuweger, D. Paarmann, O. Rupp, M. Zakrzewski, A. Pühler, J. Stoye, A. Goesmann (2009)
The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies.
J Biotechnol 140(1-2): 3-12; PubMed ID: 19297685
[58] S. P. Albaum, H. Neuweger, B. Fränzel, S. Lange, D. Mertens, C. Trötschel, D. Wolters, J. Kalinowski, T. Nattkemper, A. Goesmann (2009)
Qupe - a Rich Internet Application to take a Step Forward in the Analysis of Mass Spectrometry-Based Quantitative Proteomics Experiments.
Bioinformatics 25(23): 3128-34; PubMed ID: 19808875
[57] U. Wegmann, K. Overweg, N. Horn, A. Goesmann, A. Narbad, M. J. Gasson, C. Shearman (2009)
The complete genome sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a competitive exclusion agent against pathogens in poultry.
J Bacteriol 191(22): 7142-3; PubMed ID: 19767436
[56] H. Neuweger, M. Persicke, S. P. Albaum, T. Bekel, M. Dondrup, A. T. Hüser, J. Winnebald, J. Schneider, J. Kalinowski, A. Goesmann (2009)
Visualizing Post Genomics Data-sets on customized Pathway Maps by ProMeTra - aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example.
BMC Syst Biol 3: 82; PubMed ID: 19698148
[55] J. Krawczyk, A. Goesmann, R. Nolte, M. Werber, B. Weisshaar (2009)
Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format
Source Code for Biology and Medicine 4: 4; PubMed ID: 19622158
[54] M. Kröber, T. Bekel, N. Diaz, A. Goesmann, S. Jaenicke, L. Krause, D. Miller, K. J. Runte, Prisca Viehöver, A. Pühler, A. Schlüter (2009)
Phylogenetic characterization of a biogas plant microbial community integrating clone library 16S-rDNA sequences and metagenome sequence data obtained by 454-pyrosequencing.
J Biotechnol 142(1): 38-49; PubMed ID: 19480946
[53] J. Krawczyk, T. Kohl, A. Goesmann, J. Kalinowski, J. Baumbach (2009)
From Corynebacterium glutamicum to Mycobacterium tuberculosis--towards transfers of gene regulatory networks and integrated data analyses with MycoRegNet.
Nucleic Acids Res 37(14): e97; PubMed ID: 19494184
[52] J. Blom, S. P. Albaum, D. Doppmeier, A. Pühler, F. J. Vorhölter, M. Zakrzewski, A. Goesmann (2009)
EDGAR: A software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes.
BMC Bioinformatics 10(1): 154; PubMed ID: 19457249
[51] A. Goesmann, J. Schneider, E. Trost, A. Tauch (2009)
Entschlüsselung mikrobieller Genomsequenzen im Schnellverfahren.
BIOspektrum 15(3): 279-81
[50] M. Dondrup, A. T. Hüser, D. Mertens, A. Goesmann (2009)
An evaluation framework for statistical tests on microarray data.
J Biotechnol 140(1-2): 18-26; PubMed ID: 19297690
[49] N. Diaz, L. Krause, A. Goesmann, K. Niehaus, T. Nattkemper (2009)
TACOA -Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach.
BMC Bioinformatics 10(1): 56; PubMed ID: 19210774
[48] A. W. Strittmatter, H. Liesegang, R. Rabus, I. Decker, J. Amann, S. Andres, A. Henne, W. F. Fricke, R. Martinez-Arias, D. Bartels, A. Goesmann, L. Krause, A. Pühler, H. P. Klenk, M. Richter, M. Schuler, F. O. Glockner, A. Meyerdierks, G. Gottschalk, R. Amann (2009)
Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide.
Environ Microbiol 5(5): 1038-55; PubMed ID: 19187283
[47] A. Schlüter, A. Goesmann, K. J. Runte, R. Szczepanowski, A. Pühler (2008)
Metagenom Analyse einer Biogas produzierenden, mikrobiellen Gemeinschaft
GenomXPress 4.08: 20-22
[46] A. Becker, M. J. Barnett, D. Capela, M. Dondrup, P. B. Kamp, E. Krol, B. Linke, S. Rüberg, K. J. Runte, B. K. Schroeder, S. Weidner, S. N. Yurgel, J. Batut, S. R. Long, A. Pühler, A. Goesmann (2009)
A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data.
J Biotechnol 140(1-2): 45-50; PubMed ID: 19103235
[45] R. Gross, C. A. Guzman, M. Sebaihia, V. A. Martins Dos Santos, D. H. Pieper, R. Koebnik, M. Lechner, D. Bartels, J. Buhrmester, J. V. Choudhuri, T. Ebensen, L. Gaigalat, S. Herrmann, A. N. Khachane, C. Larisch, S. Link, B. Linke, F. Meyer, S. Mormann, D. Nakunst, C. Rückert, S. Schneiker-Bekel, K. Schulze, F. J. Vorhölter, T. Yevsa, J. T. Engle, W. E. Goldman, A. Pühler, U. B. Goebel, A. Goesmann, H. Bloecker, O. Kaiser, R. Martinez-Arias (2008)
The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae.
BMC Genomics 9(1): 449; PubMed ID: 18826580
[44] E. Strauch, J. A. Hammerl, A. Konietzny, S. Schneiker-Bekel, W. Arnold, A. Goesmann, A. Pühler, L. Beutin (2008)
Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in E. coli O157:H7.
Infect Immun 76(12): 5466-77; PubMed ID: 18824528
[43] H. Neuweger, S. P. Albaum, M. Dondrup, M. Persicke, T. Watt, K. Niehaus, J. Stoye, A. Goesmann (2008)
MeltDB: A software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data.
Bioinformatics 24(23): 2726-32; PubMed ID: 18765459
[42] L. Krause, N. Diaz, R. Edwards, K. H. Gartemann, H. Krömeke, H. Neuweger, A. Pühler, K. J. Runte, A. Schlüter, J. Stoye, R. Szczepanowski, A. Tauch, A. Goesmann (2008)
Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor.
J Biotechnol 136(1-2): 91-101; PubMed ID: 18611419
[41] A. Schlüter, T. Bekel, N. Diaz, M. Dondrup, R. Eichenlaub, K. H. Gartemann, I. Krahn, L. Krause, H. Krömeke, O. Kruse, J. H. Mussgnug, H. Neuweger, K. Niehaus, A. Pühler, K. J. Runte, R. Szczepanowski, A. Tauch, A. Tilker, P. Viehoever, A. Goesmann (2008)
The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology.
J Biotechnol 136(1-2): 77-90; PubMed ID: 18597880
[40] A. Tauch, J. Schneider, R. Szczepanowski, A. Tilker, P. Viehoever, K. H. Gartemann, W. Arnold, J. Blom, K. Brinkrolf, I. Brune, S. Götker, B. Weisshaar, A. Goesmann, M. Dröge, A. Pühler (2008)
Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids.
J Biotechnol 136(1-2): 22-30; PubMed ID: 18430482
[39] A. Tauch, E. Trost, A. Tilker, U. Ludewig, S. Schneiker-Bekel, A. Goesmann, W. Arnold, T. Bekel, K. Brinkrolf, I. Brune, S. Götker, J. Kalinowski, P. B. Kamp, F. P. Lobo, P. Viehoever, B. Weisshaar, F. Soriano, M. Dröge, A. Pühler (2008)
The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing.
J Biotechnol 136(1-2): 11-21; PubMed ID: 18367281
[38] S. Oehm, D. Gilbert, A. Tauch, J. Stoye, A. Goesmann (2008)
Comparative Pathway Analyzer-a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms.
Nucleic Acids Res 36(Web Server issue): W433-7; PubMed ID: 18539612
[37] R. Szczepanowski, T. Bekel, A. Goesmann, L. Krause, H. Krömeke, O. Kaiser, W. Eichler, A. Pühler, A. Schlüter (2008)
Insight into the plasmid metagenome of wastewater treatment plant bacteria showing reduced susceptibility to antimicrobial drugs analysed by the 454-pyrosequencing technology.
J Biotechnol 136: 54-64; PubMed ID: 18586057
[36] A. Schlüter, R. Szczepanowski, A. Goesmann, L. Krause, A. Pühler (2008)
Resistance from the middle of nowhere. Erythromycin resistance plasmids isolated from the bacterial community of a municipal wastewater treatment plant encode an interesting spectrum of macrolide resistance determinants.
Clinical Microbiology and Infection 14(s7): S73
[35] M. Stiens, A. Becker, T. Bekel, V. Gödde, A. Goesmann, K. Niehaus, S. Schneiker-Bekel, W. Selbitschka, S. Weidner, A. Schlüter, A. Pühler (2008)
Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11.
J Biotechnol 136: 31-37; PubMed ID: 18562031
[34] A. Schlüter, L. Krause, R. Szczepanowski, A. Goesmann, A. Pühler (2008)
Genetic diversity and composition of a plasmid metagenome from a wastewater treatment plant.
J Biotechnol 136: 65-76; PubMed ID: 18603322
[33] C. Schoen, J. Blom, H. Claus, A. Schramm-Glück, P. Brandt, T. Müller, A. Goesmann, B. Joseph, S. Konietzny, O. Kurzai, C. Schmitt, T. Friedrich, B. Linke, U. Vogel, M. Frosch (2008)
Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis.
Proc Natl Acad Sci U S A 105(9): 3473-8; PubMed ID: 18305155
[32] F. J. Vorhölter, S. Schneiker-Bekel, A. Goesmann, L. Krause, T. Bekel, O. Kaiser, B. Linke, T. Patschkowski, C. Rückert, J. Schmid, V. K. Sidhu, V. Sieber, A. Tauch, S. A. Watt, B. Weisshaar, A. Becker, K. Niehaus, A. Pühler (2008)
The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis.
J Biotechnol 134(1-2): 33-45; PubMed ID: 18304669
[31] L. Krause, N. Diaz, A. Goesmann, S. Kelley, T. Nattkemper, F. Rohwer, R. Edwards, J. Stoye (2008)
Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments.
Nucleic Acids Res 36(7): 2230-9; PubMed ID: 18285365
[30] K. H. Gartemann, B. Abt, T. Bekel, A. Burger, J. Engemann, M. Flügel, L. Gaigalat, A. Goesmann, I. Grafen, J. Kalinowski, O. Kaup, O. Kirchner, L. Krause, B. Linke, A. C. McHardy, F. Meyer, S. Pohle, C. Rückert, S. Schneiker-Bekel, E. M. Zellermann, A. Pühler, R. Eichenlaub, O. Kaiser, D. Bartels (2008)
The Genome Sequence of the Tomato-Pathogenic Actinomycete Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB382 Reveals a Large Island Involved in Pathogenicity.
J Bacteriol 190(6): 2138-49; PubMed ID: 18192381
[29] H. Neuweger, J. Baumbach, S. P. Albaum, T. Bekel, M. Dondrup, A. T. Hüser, J. Kalinowski, S. Oehm, A. Pühler, S. Rahmann, J. Weile, A. Goesmann (2007)
CoryneCenter - An online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data.
BMC Syst Biol 1(1): 55; PubMed ID: 18034885
[28] S. Schneiker-Bekel, O. Perlova, O. Kaiser, K. Gerth, A. Alici, M. O. Altmeyer, D. Bartels, T. Bekel, S. Beyer, E. Bode, H. B. Bode, C. J. Bolten, J. V. Choudhuri, S. Doss, Y. A. Elnakady, B. Frank, L. Gaigalat, A. Goesmann, C. Groeger, F. Gross, L. Jelsbak, L. Jelsbak, J. Kalinowski, C. Kegler, T. Knauber, S. Konietzny, M. Kopp, L. Krause, D. Krug, B. Linke, T. Mahmud, R. Martinez-Arias, A. C. McHardy, M. Merai, F. Meyer, S. Mormann, J. Munoz-Dorado, J. Perez, S. Pradella, S. Rachid, G. Raddatz, F. Rosenau, C. Rückert, F. Sasse, M. Scharfe, S. C. Schuster, G. Suen, A. Treuner-Lange, G. J. Velicer, F. J. Vorhölter, K. J. Weissman, R. D. Welch, S. C. Wenzel, D. E. Whitworth, S. Wilhelm, C. Wittmann, H. Blocker, A. Pühler, Rolf Müller (2007)
Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum.
Nature Biotechnology 25(11): 1281-9; PubMed ID: 17965706
[27] C. Meisinger-Henschel, M. Schmidt, S. Lukassen, B. Linke, L. Krause, S. Konietzny, A. Goesmann, P. Howley, P. Chaplin, M. Suter, J. Hausmann (2007)
The genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara
J Gen Virol 88(12): 3249-59; PubMed ID: 18024893
[26] M. A. Moran, R. Belas, M. A. Schell, J. M. Gonzalez, F. Sun, S. Sun, B. J. Binder, J. Edmonds, W. Ye, B. Orcutt, E. C. Howard, C. Meile, W. Palefsky, A. Goesmann, Q. Ren, I. Paulsen, L. E. Ulrich, L. S. Thompson, E. Saunders, A. Buchan (2007)
Ecological genomics of marine Roseobacters.
Appl Environ Microbiol 73(14): 4559-69; PubMed ID: 17526795
[25] M. I. Bahl, L. H. Hansen, A. Goesmann, S. J. Sorensen (2007)
The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups.
Plasmid 58(1): 31-43; PubMed ID: 17306874
[24] U. Wegmann, M. O'connell-Motherway, A. Zomer, G. Buist, C. Shearman, C. Canchaya, M. Ventura, A. Goesmann, M. J. Gasson, O. P. Kuipers, S. D. van, J. Kok (2007)
The complete genome sequence of the lactic acid bacterial paradigm Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363.
J Bacteriol 189(8): 3256-70; PubMed ID: 17307855
[23] T. Hain, C. Steinweg, C. T. Kuenne, A. Billion, R. Ghai, S. S. Chatterjee, E. Domann, U. Kärst, A. Goesmann, T. Bekel, D. Bartels, O. Kaiser, F. Meyer, A. Pühler, B. Weisshaar, J. Wehland, C. Liang, T. Dandekar, R. Lampidis, J. Kreft, W. Goebel, T. Chakraborty (2006)
Whole genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes
J Bacteriol 188(21): 7405-7415; PubMed ID: 16936040
[22] A. Krause, A. Ramakumar, D. Bartels, F. Battistoni, T. Bekel, J. Boch, M. Böhm, F. Friedrich, T. Hurek, L. Krause, B. Linke, A. C. McHardy, A. Sarkar, S. Schneiker-Bekel, A. A. Syed, R. Thauer, F. J. Vorhölter, S. Weidner, A. Pühler, B. Reinhold-Hurek, O. Kaiser, A. Goesmann (2006)
Complete genome of the mutualistic, N(2)-fixing grass endophyte Azoarcus sp. strain BH72.
Nature Biotechnology 24: 1385-1391; PubMed ID: 17057704
[21] A. Tauch, E. Trost, T. Bekel, A. Goesmann, U. Ludewig, A. Pühler (2006)
Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System.
Biochemica 4: 4-6
[20] H. Küster, A. Becker, C. Firnhaber, N. Hohnjec, K. Manthey, A. M. Perlick, T. Bekel, M. Dondrup, K. Henckel, A. Goesmann, F. Meyer, D. Wipf, N. Requena, U. Hildebrandt, R. Hampp, U. Nehls, F. Krajinski, P. Franken, A. Pühler (2007)
Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses.
Phytochemistry 68(1): 19-32; PubMed ID: 17081576
[19] N. Hohnjec, K. Henckel, T. Bekel, J. Gouzy, M. Dondrup, A. Goesmann, H. Küster (2006)
Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula.
Functional Plant Biology 33(8): 737-748
[18] S. Schneiker-Bekel, V. A. P. Martins Dos Santos, D. Bartels, T. Bekel, J. Buhrmester, T. N. Chernikova, R. Denaro, M. Ferrer, C. Gertler, A. Goesmann, O. V. Golyshina, F. Kaminski, A. N. Khachane, S. Lang, B. Linke, A. C. McHardy, F. Meyer, T. Nechitaylo, A. Pühler, D. Regenhardt, O. Rupp, J. S. Sabirova, W. Selbitschka, M. M. Yakimov, K. N. Timmis, F. J. Vorhölter, S. Weidner, O. Kaiser, P. N. Golyshin (2006)
Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis.
Nature Biotechnology 24(8): 997-1004; PubMed ID: 16878126
[17] F. Thieme, R. Koebnik, T. Bekel, C. Berger, J. Boch, D. Büttner, C. Caldana, L. Gaigalat, A. Goesmann, S. Kay, O. Kirchner, C. Lanz, B. Linke, A. C. McHardy, F. Meyer, G. Mittenhuber, D. H. Nies, U. Niesbach-Klösgen, T. Patschkowski, C. Rückert, O. Rupp, S. Schneiker-Bekel, S. C. Schuster, F. J. Vorhölter, E. Weber, A. Pühler, U. Bonas, D. Bartels, O. Kaiser (2005)
Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence.
J Bacteriol 187(21): 7254-66; PubMed ID: 16237009
[16] R. Overbeek, T. Begley, R. M. Butler, J. V. Choudhuri, N. Diaz, H. Y. Chuang, M. Cohoon, V. de Crécy-Lagard, T. Disz, R. Edwards, M. Fonstein, E. D. Frank, S. Gerdes, E. M. Glass, A. Goesmann, L. Krause, B. Linke, A. C. McHardy, F. Meyer, A. Hanson, D. Iwata-Reuyl, R. Jensen, N. Jamshidi, M. Kubal, N. Larsen, H. Neuweger, C. Rückert, G. Olsen, R. Olson, A. Osterman, V. Portnoy, G. D. Pusch, D. A. Rodionov, J. Steiner, R. Stevens, I. Thiele, O. Vassieva, Y. Ye, O. Zagnitko, V. Vonstein (2005)
The Subsystems Approach to Genome Annotation and its Use in the Project to Annotate 1000 Genomes
Nucleic Acids Res 33(17): ; PubMed ID: 16214803
[15] A. Goesmann, B. Linke, D. Bartels, M. Dondrup, L. Krause, H. Neuweger, S. Oehm, T. Paczian, A. Wilke, F. Meyer (2005)
BRIGEP - The BRIDGE-based Genome-Transcriptome-Proteome Browser.
Nucleic Acids Res 33: W710-W160; PubMed ID: 15980569
[14] A. Tauch, O. Kaiser, T. Hain, A. Goesmann, B. Weisshaar, A. Albersmeier, T. Bekel, N. Bischoff, I. Brune, T. Chakraborty, J. Kalinowski, F. Meyer, O. Rupp, S. Schneiker-Bekel, P. Viehoever, A. Pühler (2005)
Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora.
J Bacteriol 187(13): 4671-82; PubMed ID: 15968079
[13] D. Bartels, S. Kespohl, S. P. Albaum, T. Drüke, A. Goesmann, J. Herold, O. Kaiser, A. Pühler, F. Pfeiffer, G. Raddatz, J. Stoye, F. Meyer, S. C. Schuster (2005)
BACCardI -- A tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison.
Bioinformatics 21(7): 853-9; PubMed ID: 15514001
[12] A. C. McHardy, A. Goesmann, A. Pühler, F. Meyer (2004)
Development of joint application strategies for two microbial gene finders
Bioinformatics 20(10): 1622-31; PubMed ID: 14988122
[11] J. Westberg, A. Persson, A. Holmberg, A. Goesmann, J. Lundeberg, K. E. Johansson, B. Pettersson, M. Uhlén (2004)
The Genome Sequence of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC Type Strain PG1T, the Causative Agent of Contagious Bovine Pleuropneumonia (CBPP)
Genome Res 14(2): 221-227; PubMed ID: 14762060
[10] S. Rendulic, P. Jagtap, A. Rosinus, M. Eppinger, C. Baar, C. Lanz, H. Keller, C. Lambert, K. J. Evans, A. Goesmann, F. Meyer, R. E. Sockett, S. C. Schuster (2004)
A Predator Unmasked: The Lifecycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a Genomic Perspective
Science 303: 689-692; PubMed ID: 14752164
[9] R. Szczepanowski, I. Krahn, B. Linke, A. Goesmann, A. Pühler, A. Schlüter (2004)
Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system.
Microbiology 150(11): 3613-30; PubMed ID: 15528650
[8] A. Wilke, C. Rückert, D. Bartels, M. Dondrup, A. Goesmann, A. T. Hüser, S. Kespohl, B. Linke, M. Mahne, A. C. McHardy, A. Pühler, F. Meyer (2003)
Bioinformatics support for high-throughput proteomics.
J Biotechnol 106(2-3): 147-56; PubMed ID: 14651857
[7] A. Goesmann, B. Linke, O. Rupp, L. Krause, D. Bartels, M. Dondrup, A. C. McHardy, A. Wilke, A. Pühler, F. Meyer (2003)
Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology.
J Biotechnol 106(2-3): 157-67; PubMed ID: 14651858
[6] O. Kaiser, D. Bartels, T. Bekel, A. Goesmann, S. Kespohl, A. Pühler, F. Meyer (2003)
Whole genome shotgun sequencing guided by bioinformatics pipelines-an optimized approach for an established technique.
J Biotechnol 106(2-3): 121-33; PubMed ID: 14651855
[5] M. Dondrup, A. Goesmann, D. Bartels, J. Kalinowski, L. Krause, B. Linke, O. Rupp, A. Sczyrba, A. Pühler, F. Meyer (2003)
EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data.
J Biotechnol 106(2-3): 135-46; PubMed ID: 14651856
[4] J. Kalinowski, B. Bathe, D. Bartels, N. Bischoff, M. Bott, A. Burkovski, N. Dusch, L. Eggeling, B. J. Eikmanns, L. Gaigalat, A. Goesmann, M. Hartmann, K. Huthmacher, R. Krämer, B. Linke, A. C. McHardy, F. Meyer, B. Möckel, W. Pfefferle, A. Pühler, D. A. Rey, C. Rückert, O. Rupp, H. Sahm, V. F. Wendisch, I. Wiegräbe, A. Tauch (2003)
The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins.
J Biotechnol 104(1-3): 5-25; PubMed ID: 12948626
[3] F. Meyer, A. Goesmann, A. C. McHardy, D. Bartels, T. Bekel, J. Clausen, J. Kalinowski, B. Linke, O. Rupp, R. Giegerich, A. Pühler (2003)
GenDB--an open source genome annotation system for prokaryote genomes.
Nucleic Acids Res 31(8): 2187-95; PubMed ID: 12682369
[2] A. Tauch, A. Schlüter, N. Bischoff, A. Goesmann, F. Meyer, A. Pühler (2003)
The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-1beta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-1), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family.
Mol Genet Genomics 268(5): 570-84; PubMed ID: 12589432
[1] A. Goesmann, M. Haubrock, F. Meyer, J. Kalinowski, R. Giegerich (2002)
PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways.
Bioinformatics 18(1): 124-9; PubMed ID: 11836220